Su origen se remonta a la época de la conquista México-Tenochtitlan y fue la primera virgen venerada en dicha zona.  

El origen de esta leyenda data desde el año 1519 en la época de la conquista, cuando un miembro del ejército de Hernán Cortés, el capitán Juan Rodríguez Villafuerte, trajo consigo desde España una imagen de la virgen.

Para ese entonces, la devoción que tenían los españoles hacia esa virgen era tal, que la asignaron como “la generala” y protectora de la batalla. Su imagen fue colocada en el Templo Mayor para suplantar a los dioses mexicas.

El 30 de junio de 1520 se llevó a cabo el combate de la Noche Triste, en donde las tropas hispanas sufrieron grandes pérdidas, por lo cual huyeron hacia Tlacopan. Sin embargo, Juan Rodríguez Villafuerte, tenía miedo de que fuesen a profanar la imagen de la virgen por lo que tomó la decisión de sacarla del Templo Mayor y llevarla hacia el cerro de Otomcapulco, en donde la ocultó debajo de un maguey.

Allí permaneció la virgen hasta el año 1540 aproximadamente, cuando Ce Cuatli cacique indígena del pueblo de San Juan Totoltepec, también conocido con el nombre de Juan del Águila, la descubrió.

Según cuenta la leyenda, Juan del Águila se encontraba enfermo ya que tenía peste, y se dirigió hacia donde se encontraba el altar de la Virgen del Tepeyac (quien años atrás se le apareció al indio Juan Diego), y decidió suplicarle por su curación.

La virgen realizó un milagro, le dijo que se levantara porque ya él se encontraba curado. Sin embargo, le dio indicaciones de que debía dirigirse hacia la cumbre del cerro, en donde se encuentran los magueyes y montara un altar.

El cacique sanó de forma inmediata y comenzó a rendirle culto a la virgen en su hogar. Sin embargo, la leyenda cuenta que la imagen de la virgen salía de la casa del cacique y se dirigía al cerro de Otomcapulco.

Esto sucedía todos los días, por lo que el cacique interpretó que ella quería tener un altar en dicho cerro y que pudiese ser venerada allí.

Así de esta forma en el año 1550 se construyó un altar en el cerro de Otomcapulco, para rendirle culto. Inicialmente este lugar fue un santuario para venerar el triunfo de los ejércitos españoles sobre los indígenas.

Sin duda alguna, muchos indican que la historia de la Virgen de Guadalupe, también conocida como Virgen de Tepeyac, guarda una estrecha relación con la Virgen de los Remedios; siendo esta última la primera imagen de una virgen venerada en tierras mexicanas.